Nguyên nhân gây nên tình trạng ô nhiễm môi trường biển này chính là các hoạt động phát triển kinh tế, đặc biệt từ các nguồn thải công, nông nghiệp và rác thải của ngành vận tải biển.

Các nguồn ô nhiễm từ lục địa theo sông ngòi mang ra biển như dầu và sản phẩm từ dầu, nước thải, phân bón nông nghiệp, chất thải công nghiệp, thuốc trừ sâu, chất thải phóng xạ và nhiều chất ô nhiễm khác. Hàng năm, các chất thải rắn đổ ra biển trên thế giới khoảng 50 triệu tấn, gồm: rác thải đất, cát, phế liệu xây dựng, chất phóng xạ. Một số chất thải loại này sẽ lắng tại vùng ven bờ biển. Một số chất khác bị phân hủy và lan truyền ra toàn khối nước biển.

Vùng ven biển cũng là nơi chịu sức ép về chất thải của gần 60% tổng dân số cả nước, khoảng 50% đô thị lớn của cả nước. Hầu hết các chất thải do sinh hoạt và các khu công nghiệp đều đổ trực tiếp ra biển đông, một phần chất thải rắn vào sông, suối, biển gây nên ô nhiễm môi trường nước…

Chất thải rắn không được thu gom đúng quy trình và xử lý triệt để đã gây ảnh hưởng chất lượng nước biển, đời sống dân cư vùng ven biển và gây thiệt hại cho những ngành kinh tế gắn với biển.

Vấn đề thu gom, xử lý chất thải vùng ven biển tại TPHCM và cả nước VN, tuy đã được các cấp, các ngành và chính quyền địa phương quan tâm nhưng chưa được đầu tư, kiểm tra đúng mức. Tất cả các nguồn chất thải từ các sông ngòi, ao hồ, kênh rạch, khu dân cư… đều đổ ra biển gây ô nhiễm môi trường biển nghiêm trọng.